보건복지부가 약사회와 대한의사협회 및 시단단체 등과 약사법 개정을 위한 마라톤회의에서 약사의 임의조제와 관련, 약사법 39조 2항을 삭제키로 합의했다는 내용이 보도되면서 비상대책위원회내에서도 납득할 수 없다며 크게 반발했다. 일반 회원들 역시 약사회 홈페이지를 통해 항의메일을 보내는 등 파문이 확산되고 있다.

현재 알려진 합의안대로 약사법이 개정될 경우 약사들의 의약분업 불참 투쟁이 예상된다.

더욱이 병원급의 원외처방전 발생을 앞두고 약국가가 결속해 처방약을 준비해도 많은 혼란이 예상되는데 복지부의 합의안이 알려지면서 개국가는 갈피를 잡지못하고 있다.

일부 회원들은 상식적으로 납득할 수 없는 복지부의 합의안에 동의한 대약 집행부 퇴진을 촉구했다.

일부 강경론자들은 낱알판매금지에 합의한 집행부는 적의 첩자가 아니냐며 누구를 위해 협상하고 누구를 대표하는 것인지 궁금하다며 약국 폐업하던지 약사회를 탈퇴하겠다며 집행부에 대한 노골적인 불만을 토로했다.

개국약사들은 또 집행부가 정부와 협상에서 일선 약사들의 애로사항을 충분히 전달하지 못하고 정부의 일방적인 정책에 끌려다니면서 회원들을 힘들게하고 있다며 이제라고 약사회는 확실한 방향을 설정해 독자적인 목소리를 내야한다고 지적했다.

그러나 개국가 일부에서는 의료계에 계속 빌미를 주지 않기 위해 탄력성있게 대응하는 약사회의 결정에 동의를 표시하는 목소리도 제기됐다.