침체에 빠진 제약바이오산업을 구할 만한 제대로 된 세법 개정안이 추진된다. 혁신형 제약기업의 연구개발 성과를 촉진하기 위해 세제를 지원한다는 건데, 내용을 들여다보면 상당히 ‘파격적’이다. 실제로 세법이 바뀔 경우 체감할 수 있는 이익은 5~7% 수준이라는 분석이다. 가만히 앉아서도 이익이 발생하는 셈이다.

본지는 지난 21일 국회 보건복지위원회 오제세 의원(더불어민주당)이 대표 발의한 조세특례제한법(이하 조특법) 개정 법안에 대한 해석을 통해 수혜 대상이 될 수 있는 혁신형 제약사들을 들여다 봤다.

우선 개정 법안의 문구는 간단하다. 조세특례제한법 제12조 제3항 중 중소기업을 ‘중소기업 및 제약산업 육성 및 지원에 관한 특별법 제7조제2항에 따라 혁신형 제약기업의 인증을 받은 내국인으로 한다’가 개정 내용이다.

‘혁신형 제약기업’이 추가된 이 짧은 문구에는 여러 가지 의미가 복합적으로 압축돼 있다.

우선 조특법 제12조 3항은 ‘기술이전 및 기술취득에 대한 과세특례’ 규정에 따라 자체 연구 개발한 특허권, 기술비법 또는 기술 등을 2021년까지 대여함으로써 발생하는 소득에 대해 법인세의 25%를 감면하고 있다. 여기서 기술은 국내 제약사들이 자체 개발한 신약후보물질 기술도 포함된다. 즉 국내 대형제약사 상당수가 포진돼 있는 혁신형 제약기업이 추가될 수 있다는 의미다. 2021년으로 일몰기간이 정해져 있지만 조세특례 성격상 기한 연장의 가능성도 높다.

법 개정과 관련해 오제세 의원실은 팜뉴스 취재진과의 통화에서 제약사들이 해외로 기술수출 하고 받는 로얄티와 마일스톤까지 염두에 두고 제약사들에게 실질적인 혜택이 돌아 갈 수 있도록 대상 기업을 확대한 측면이 있다고 개정안에 대해 설명했다.

그런데 여기서 논란이 되는 문구가 하나 있다. 바로 ‘대여’라는 단어다. 제약사의 기술수출이 발생할 때 후보물질의 특허권 소유가 상대방으로 넘어 가기 때문에 개정되는 조특법 12조 3항을 적용받기가 어려울 수도 있다는 게 일부의 지적.

실제로 기획재정부 세제실 관계자는 “제약사들의 기술수출 계약내용을 확인해 봐야 되겠지만 기술수출은 대여라기보다는 기술의 이전 또는 양도의 개념으로 봐야 할 것”이라며 “이 경우 조특법 12조 1항이 적용돼 국내 제약사들의 해외 기술수출에 대한 실질적인 혜택은 없을 수도 있다”고 설명했다. 국세청 관계자도 이 같은 기재부의 해석에 공감했다.

조특법 12조 1항은 중소기업이 기술이전을 할 경우 세액을 50% 감면해 주는 법이다. 다만 기술 ‘양도’만을 대상으로 하는 것으로, 이마저도 ‘내국인’에게만 양도할 때 세제 혜택이 주어진다. 해외로 빼돌려지는 기술을 막아 국가 경쟁력을 보존하자는 이유에서다. 반면 12조 3항은 ‘대여’의 개념이다. 이 역시 기술 특허를 다른 나라에 빼앗기지 않는다는 의미에 있어서는 크게 차이가 없다.

그렇다면 세제를 개정해 제약사들의 기술수출을 촉진하겠다는 시도는 어려운 걸까.

다수의 기술수출을 성공한 국내 유력 제약사 한 관계자는 “정밀한 법적 검토까지는 아니지만, 내부 법무팀에서 기술수출 계약서를 검토한 결과 이를 ‘대여’라고 판단했다”며 “신약후보물질의 특허권을 사용할 수 있는 권리를 준 것이지, 신약후보물질 또는 특허권 자체를 양도하는 개념은 아니었다”고 설명했다.

또 다른 제약업계 관계자도 “제약사가 오리지널리티를 양도하는 경우는 거의 없을 것”이라며 “향후 세법이 개정되면 기술수출 계약서의 본격적인 재검토 작업이 진행될 것”이라고 말했다.

이 같은 업계의 해석을 종합해 보면, 지금까지 제약사들의 계약 내용은 일부의 우려와는 다르게 이미 기술 ‘대여’의 의미로 짜여져 있다는 것. 향후 제약사들에게 실질적인 혜택이 돌아 갈 것이라는 기대가 높아지는 배경이다.

이와 관련해, 오 의원 측은 해석의 논란이 될 수 있는 부분이 있다면 소관위원회에서 충분히 재검토하겠다고 밝혔다. 오 의원이 상정안 개정안은 빠르면 다음 달 법사위로 상정될 전망이다. 법사위를 거치면 본회의 심의를 거치게 된다.

만약 조특법이 개정될 경우 혜택을 볼 수 있는 혁신형 제약기업은 45개사다. 다만 이 법은 국내 기업에만 한정하기 때문에 외국법인은 적용받지 못한다. 때문에 외국계 제약사 4곳을 제외하면 41개사가 수혜를 볼 전망이다.

세부적으로 보면, 제약사에는 녹십자, 대웅제약, 대원제약, 보령제약, 부광약품, 삼진제약, 셀트리온, 신풍제약, 영진약품, 유한양행, 일동제약, 종근당, 태준제약, 한국유나이티드제약, 한독, 한림제약, 한미약품, 현대약품, 휴온스, CJ헬스케어, JW중외제약, LG생명과학, SK케미칼, 건일제약, 대화제약, 삼양바이오팜, 에스티팜, 이수앱지스, 코오롱생명과학, 파마리서치프로덕트, 파미셀, 한국콜마까지 32개사가 있다. 또 바이오벤처사로는 메디톡스, 바이로메드, 비씨월드제약, 알테오젠, 에이비엘바이오, 제넥신, 코아스템, 크리스탈지노믹스, 테고사이언스 9개사다.

이들 혁신형 제약사들의 기술수출 사례를 보면 최근 5년간 마일스톤을 포함한 라이선스 아웃 규모가 한미약품 7조5500억원, 유한양행 2조6600억원, 보령제약 5800억원, 에이비엘바이오 1조4000억원, 제넥신 8500억원, 크리스탈지노믹스 5000억원이다. 만약 이 법이 5년전에 시행됐고 임상 진행에 따라 10년간 수익이 들어 왔다고 가정하면, 법인세 20% 기준으로 절감될 수혜 금액은 한미약품 3,800억원, 유한양행 1,300억원, 보령제약 290억원, 에이비엘바이오 700억원, 제넥신 400억원, 크리스탈지노믹스 250억원이다.

한편, 업계에서 그간 주목해 왔던 세제지원 요구도 곧 실현될 전망이다. 기획재정부 관계자에 따르면, 신성장동력·원천기술 R&D 비용 이월공제기간을 10년으로 연장하는 것과 기한 일몰 예정인 글로벌 GMP 시설을 생산성향상시설로 포함해 투자세액공제로 개정하는 법안이 정부 입법으로 내달 3일 국회에 제출될 예정인 것으로 알려졌다.